Missing coverage evidence...
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ATGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTTTGT  >  minE/543750‑543820                                                                       | aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:481205/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:97384/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:68675/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:660345/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:653967/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:649309/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:632706/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:620199/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:545071/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:539354/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:518959/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:514697/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:50417/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:494114/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:48270/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:111606/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:424210/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:229386/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:256808/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:286920/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:323993/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:327228/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:338503/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:347211/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:403535/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:404177/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:418245/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:419930/71‑1 (MQ=255) aTGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:460682/71‑1 (MQ=255)  tGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:366628/70‑1 (MQ=255)  tGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:533580/70‑1 (MQ=255)  tGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:147182/70‑1 (MQ=255)              tGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTttgt  <  1:614536/58‑1 (MQ=255)                                                                       | ATGAAAGCAGGAGTGAAGCGGCGTACCGCGACGCCGCTATTTATCGGAAGGTTTATCTTGCTGCGGTTTGT  >  minE/543750‑543820

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑