Missing coverage evidence...
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AATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCG  >  minE/559557‑559627                                                                       | aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:55884/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:416662/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:422531/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:426279/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:447785/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:47108/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:486926/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:514169/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:536926/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:551418/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:390492/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:564655/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:579617/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:585027/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:597874/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:600035/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:619595/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:657994/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:7290/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:84992/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:245987/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:13393/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:136639/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:152114/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:157358/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:162741/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:171689/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:181284/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:215297/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:217740/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:232215/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:103199/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:291747/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:31790/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:330102/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:331380/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:361312/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:371370/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:376376/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:376515/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGAACGTTCGCTGATTATTATGggcg  >  1:488297/1‑71 (MQ=255)                                                                       | AATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCG  >  minE/559557‑559627

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑