Missing coverage evidence...
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CCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCT  >  minE/54349‑54419                                                                       | ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:377919/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:78279/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:69963/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:66409/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:60154/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:511168/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:505215/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:491899/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:485384/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:474574/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:437799/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:422664/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:382636/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:141236/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:350701/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:275186/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:2361/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:221414/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:21310/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:209912/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:201740/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:189108/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:182591/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:173182/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:161356/71‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTGGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:377155/71‑1 (MQ=255)  cTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:402404/70‑1 (MQ=255)  cTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:600634/70‑1 (MQ=255)                               cccAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt  <  1:197601/41‑1 (MQ=255)                                                                       | CCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCT  >  minE/54349‑54419

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑