Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ minE 769523 769621 99 55 [0] [0] 31 phoP DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with PhoQ

CAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGA  >  minE/769452‑769522
                                                                      |
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:561732/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:108355/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:431087/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:446937/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:447483/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:460267/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:494510/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:505608/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:514681/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:516852/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:517832/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:53417/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:548622/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:554209/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:420384/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:600523/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:612645/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:618942/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:619090/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:6341/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:638755/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:639579/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:650190/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:68004/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:77569/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:8009/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:94219/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:38071/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:116095/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:12452/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:135464/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:144604/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:146343/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:162499/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:172158/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:174273/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:176714/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:208324/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:256547/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:257179/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:264896/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:26516/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:265345/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:290569/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:300044/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:332664/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:337081/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:343096/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:355883/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:358687/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:372268/71‑1 (MQ=255)
cAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:380721/71‑1 (MQ=255)
  gCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:136156/69‑1 (MQ=255)
                              ggCAGAGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:580749/41‑1 (MQ=255)
                                 aGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGa  <  1:594684/38‑1 (MQ=255)
                                                                      |
CAGCTTTCACGGGCGGTTAATACCAGAATCGGCAGTGAAACATCGTTGCTACGCCAGCGGCGAATCAGTGA  >  minE/769452‑769522

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: