Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1206269	1206272	4	28 [0]	[0] 7	manX	fused mannose‑specific PTS enzyme IIAB components

CGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGTT  >  minE/1206198‑1206268                                                                       | cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:233155/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:9430/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:72549/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:653889/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:633050/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:623696/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:606004/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:587724/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:551139/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:550994/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:483746/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:47729/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:451620/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:446324/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:412896/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:383031/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:369559/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:333968/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:332500/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:3221/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:262117/71‑1 (MQ=255) cGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:127579/71‑1 (MQ=255)  gCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:517011/70‑1 (MQ=255)  gCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:425528/70‑1 (MQ=255)  gCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:640804/70‑1 (MQ=255)  gCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:81935/70‑1 (MQ=255)                    agCATTATGAAGGCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:614089/52‑1 (MQ=255)                                   ttGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGtt  <  1:534036/37‑1 (MQ=255)                                                                       | CGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGTT  >  minE/1206198‑1206268

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑