Missing coverage evidence...
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CTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTAA  >  minE/1393919‑1393978                                                            | cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:387190/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:626448/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:621824/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:617594/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:61304/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:596216/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:570969/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:538041/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:520349/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:514633/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:48896/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:466148/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:447657/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:437824/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:140941/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:35900/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:35735/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:349266/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:325352/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:322995/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:319473/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:303296/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:254936/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:224036/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:214971/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:207561/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:200390/60‑1 (MQ=255) cTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTaa  <  1:171411/60‑1 (MQ=255)                                                            | CTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTAA  >  minE/1393919‑1393978

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑