Missing coverage evidence...
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GAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCG  >  minE/1529553‑1529623                                                                       | gattGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:325637/68‑1 (MQ=255) gattGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:481980/68‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:521887/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:383212/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:403933/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:434818/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:458189/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:458238/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:467990/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:479214/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:487017/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:357689/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:541622/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:567555/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:599809/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:605454/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:625498/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:636050/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:63626/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:657323/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:67579/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:227471/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:164408/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:173945/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:181528/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:183014/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:191752/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:197484/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:197539/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:212715/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:363302/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:233307/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:248341/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:298869/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:312726/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:329730/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:338689/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:342744/71‑1 (MQ=255) gAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:119354/71‑1 (MQ=255)                    aTCCATCACCTGCTCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:313606/52‑1 (MQ=255)                               gcgcATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCg  <  1:174662/41‑1 (MQ=255)                                                                       | GAATGCCATTTGTCAGATAATCCATCACCTGCGCATGTACTCGCCGTTGAAACACCACACGATCCGGTTCG  >  minE/1529553‑1529623

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑