Missing coverage evidence...
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GGTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTA  >  minE/1546714‑1546784                                                                       | ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:557176/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:114821/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:421340/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:424041/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:443153/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:44393/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:451039/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:453293/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:493488/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:417746/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:572594/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:593218/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:597337/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:646495/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:65280/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:69228/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:84725/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:229628/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:123259/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:142058/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:144038/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:147535/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:188690/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:228412/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:413671/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:24268/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:275265/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:278570/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:283095/71‑1 (MQ=255) ggTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTCTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:371334/71‑1 (MQ=255)  gTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:452509/70‑1 (MQ=255)  gTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:320802/70‑1 (MQ=255)      cGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTTCTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:203502/66‑1 (MQ=255)                 aCCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta  <  1:181108/55‑1 (MQ=255)                                                                       | GGTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTA  >  minE/1546714‑1546784

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑