Missing coverage evidence...
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CAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCGGG  >  minE/1603390‑1603460                                                                       | cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:294425/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:647782/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:602218/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:601777/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:572645/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:53835/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:470016/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:431252/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:383133/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:366318/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:350442/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:348951/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:34575/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:331419/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:322660/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:106623/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:279390/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:278564/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:277848/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:268725/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:251367/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:246356/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:216948/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:185722/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:165045/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:162069/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:145632/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:127803/71‑1 (MQ=255) cAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:114581/71‑1 (MQ=255)  aaCGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCggg  <  1:206934/70‑1 (MQ=255)                                                                       | CAACGCCGCCGCTCAGAGCGCGCCAGGTGTTGTTACCAAAGGCAACCACCGCACCAAGATGCGCGTCCGGG  >  minE/1603390‑1603460

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑