Missing coverage evidence...
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TTGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAT  >  minE/1687392‑1687462                                                                       | ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTTCTGTAAAt  >  1:391651/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:342001/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:74587/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:56401/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:563094/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:554838/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:550610/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:523758/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:387443/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:380791/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:353784/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:3448/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:103367/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:323606/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:3023/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:287017/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:266721/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:213595/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:2106/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:207916/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:195132/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:188996/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:184156/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAt  >  1:113622/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCAGTAAAt  >  1:539503/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTACCAGTGCTGTAAAt  >  1:146419/1‑71 (MQ=255)                                                                       | TTGAAGTGCTTCTAACGAGGTGAAAAAAGGAATGACGCTGGTGCCGTCTTCTTTTTCCCAGTGCTGTAAAT  >  minE/1687392‑1687462

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑