Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2342513	2342555	43	5 [0]	[0] 48	glnL	sensory kinase in two‑component regulatory system with GlnG

ACGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTAA  >  minE/2342556‑2342625 |                                                                      aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGGTAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:564308/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTat  <  1:154888/70‑2 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:618885/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:411455/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:426584/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:438169/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:455211/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:472801/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:475016/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:495386/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:509075/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:509761/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:571946/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:574881/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:404662/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:620538/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:640421/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:644840/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:67524/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:7092/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:75865/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:77253/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:79628/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:87107/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:87906/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:237363/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:127918/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:131768/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:135344/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:140259/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:146157/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:146161/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:147869/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:179009/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:186687/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:2122/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:220310/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:125811/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:248694/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:260453/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:291845/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:31067/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:318198/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:329547/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:333530/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:343622/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:359614/70‑1 (MQ=255) aCGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTaa  <  1:384396/70‑1 (MQ=255) |                                                                      ACGGCCCAGCGTATGCCGGACGGCATGATCCTGCTGGAGATGGCTCCGATGGATAACCAGCGCCGCTTAA  >  minE/2342556‑2342625

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑