Missing coverage evidence...
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TTATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAT  >  minE/2541930‑2541999 |                                                                      ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTa   >  1:393716/1‑69 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTa   >  1:273087/1‑69 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:420386/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:414944/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:488843/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:507536/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:514233/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:517018/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:540440/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:544858/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:545591/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:556823/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:570909/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:578240/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:606091/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:651416/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:80725/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:417895/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:113791/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:363914/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:348092/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:335148/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:332970/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:332929/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:243811/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:230569/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:21642/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:184723/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:160954/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:157138/1‑70 (MQ=255) ttATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAt  >  1:11722/1‑70 (MQ=255) |                                                                      TTATTCAAAATATTGCCATTTTTTCGTTTTATGCATGATAATGTAAAAGATATTAATATTTATAATTTAT  >  minE/2541930‑2541999

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑