Missing coverage evidence...
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CTCGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGT  >  minE/549571‑549641 |                                                                       ctcGGGACGTGAAGCGCTGCGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:605966/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCgg   >  1:83640/1‑70 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:61376/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:106653/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:51881/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:526075/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:557793/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:570837/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:577592/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:592551/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:48597/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:620603/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:633303/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:646695/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:651530/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:653560/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:97562/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:97785/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:253552/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:116773/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:124589/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:135841/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:159574/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:168838/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:178498/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:178797/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:188971/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:202019/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:457428/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:319326/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:333881/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:357625/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:377943/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:391234/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:427972/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:433974/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACATCGTCAAAGCGGt  >  1:540792/1‑71 (MQ=255) ctcGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCATTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGt  >  1:597804/1‑71 (MQ=255) |                                                                       CTCGGGACGTGAAGCGCTGAGCGTCCCGAAGAAATTATCGCCGGGGCCTTTGTAGACCTCGTCAAAGCGGT  >  minE/549571‑549641

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑