Missing coverage evidence...
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AAGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGT  >  minE/550906‑550976 |                                                                       aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:269545/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:84334/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:79511/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:73523/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:620375/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:611322/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:548465/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:528905/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:448558/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:433563/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:423054/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:422501/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:414522/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:28678/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:270364/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:10577/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:25914/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:238571/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:230745/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:228597/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:221501/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:210004/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:183971/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:167322/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:158633/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:153981/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:147220/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:141481/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGt  <  1:112957/71‑1 (MQ=255) |                                                                       AAGTACCGTCCATGTCTGTGACGATAACTTTTACGCTCATAGGTGTGCTCCTGGCTCGAAAATGAAACCGT  >  minE/550906‑550976

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑