Missing coverage evidence...
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CACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAT  >  minE/678006‑678076 |                                                                       cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAgt                         >  1:528455/1‑48 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:556252/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:442920/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:453521/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:456496/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:459281/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:484742/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:535710/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:537880/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:415575/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:569223/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:582422/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:595942/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:628165/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:656055/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:658175/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:93437/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:415080/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:117831/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:136742/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:139891/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:152527/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:171261/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:173135/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:215773/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:217652/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:235091/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:24174/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:31914/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:331336/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:336692/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:354756/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAt  >  1:112538/1‑71 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTT‑CCCTCAAt  >  1:552413/1‑70 (MQ=255) cacaGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCAGATCCGTTACCCTCaa   >  1:247675/1‑70 (MQ=255) |                                                                       CACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAAT  >  minE/678006‑678076

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑