Missing coverage evidence...
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CGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGTT  >  minE/1109916‑1109985 |                                                                      cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:418215/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:99674/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:83722/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:632402/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:62692/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:626191/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:619028/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:59959/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:595236/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:582331/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:574918/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:535797/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:523326/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:49340/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:487686/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:156801/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:387766/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:387129/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:355349/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:336148/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:323952/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:302836/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:286463/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:232064/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:231797/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:231/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:198683/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:174134/70‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGtt  <  1:169919/70‑1 (MQ=255) |                                                                      CGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGTGATGATCGTT  >  minE/1109916‑1109985

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑