Missing coverage evidence...
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GTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCAA  >  minE/1279282‑1279352 |                                                                       gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTccc                           >  1:448284/1‑46 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGAcc                 >  1:385861/1‑56 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTc              >  1:333930/1‑59 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:551315/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:403650/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:42910/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:438765/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:489319/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:512296/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:514004/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:396769/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:569645/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:59052/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:601228/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:618722/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:642477/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:71676/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:78933/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:87512/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:97683/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:288831/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:108713/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:122728/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:188716/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:214144/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:221656/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:222595/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:275619/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:282176/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:286841/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:103438/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:295359/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:296648/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:341466/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:346687/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:369843/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:374609/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:392968/1‑71 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCa   >  1:539293/1‑70 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCa   >  1:647998/1‑70 (MQ=255) gTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTACCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCaa  >  1:465742/1‑71 (MQ=255) |                                                                       GTAATCCTCATGCCATAACCGCTGGACTTAACTATACCCCCTTCCCGCTGATGACCTTCAGCGCGGAGCAA  >  minE/1279282‑1279352

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑