Missing coverage evidence...
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CTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGTTT  >  minE/1342724‑1342794 |                                                                       cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:377187/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:634567/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:632619/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:614692/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:576873/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:539782/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:505710/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:505008/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:499117/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:462810/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:436085/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:432215/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:414981/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:401925/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:393851/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:106675/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:343518/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:306918/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:306343/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:285399/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:284250/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:27150/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:185032/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:155336/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:154501/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:142506/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:125681/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:112287/71‑1 (MQ=255) cTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGttt  <  1:111786/71‑1 (MQ=255) |                                                                       CTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGTTT  >  minE/1342724‑1342794

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑