Missing coverage evidence...
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CACCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATG  >  minE/1496481‑1496551 |                                                                       cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTcc                                     >  1:78129/1‑36 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:31192/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:99253/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:77382/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:70573/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:634097/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:604641/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:518594/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:490022/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:430813/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:380161/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:377938/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:372391/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:325979/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:318677/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:102672/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:302483/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:243959/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:237149/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:216887/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:212958/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:208508/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:205059/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:203998/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:20000/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:195638/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:194804/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:126583/1‑71 (MQ=255) cacCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATg  >  1:10437/1‑71 (MQ=255) |                                                                       CACCAGCCGCAGGACTCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATG  >  minE/1496481‑1496551

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑