Missing coverage evidence...
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TCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAG  >  minE/1669327‑1669396 |                                                                      tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCTTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:136190/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:82266/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:123691/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:608040/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:595322/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:55755/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:549720/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:547610/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:496131/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:451540/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:446026/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:421998/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:405798/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:403894/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:348464/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:311358/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:296373/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:280600/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:233659/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:233600/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:229948/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:206940/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:20469/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:193814/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:186164/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:153017/70‑1 (MQ=255) tCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:1477/70‑1 (MQ=255) tCACGCGGCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAg  <  1:254538/70‑1 (MQ=255) |                                                                      TCACGCGTCGTGCCAGGCATGTCGTAAACAACAACGCGCTCTTCACCAAGAATACGGTTAGTGAGTGTAG  >  minE/1669327‑1669396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑