Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 692,900 T→C 100% A144A (GCT→GCC)  hyaD → protein involved in processing of HyaA and HyaB proteins

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE692,9000TC100.0% 227.0 / NA 61A144A (GCT→GCC) hyaDprotein involved in processing of HyaA and HyaB proteins
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/61);  total (0/61)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

AGCAACTGCCCGCTGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCT  >  minE/692887‑692957
             |                                                         
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGTGAATTGTGCCGCAACAGGCt  <  1:184778/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:55963/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:107436/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:387658/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:405708/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:414013/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:418806/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:455684/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:471779/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:473606/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:502563/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:506439/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:538686/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:541397/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:54397/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:552613/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:375950/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:564892/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:570250/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:582620/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:596459/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:60868/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:62468/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:636700/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:656165/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:75640/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:76899/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:90002/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:94443/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:209105/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:114048/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:126361/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:14047/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:141843/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:15326/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:157878/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:163122/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:165570/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:169838/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:176576/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:183791/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:184118/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:198989/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:201765/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:369602/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:21727/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:227221/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:233622/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:262160/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:316705/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:319584/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:34343/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:345705/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:357164/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:357911/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:36257/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGAGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:323077/71‑1 (MQ=255)
aGCAACTGCCCACCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:498279/71‑1 (MQ=255)
 gCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:598056/70‑1 (MQ=255)
 gCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:399922/70‑1 (MQ=255)
 gCAACTGCCCGCCGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCt  <  1:383359/70‑1 (MQ=255)
             |                                                         
AGCAACTGCCCGCTGCGGAACAGGCGGCGCTGGCGCAGCTTGCTGCGTGGGGAATTGTGCCGCAACCGGCT  >  minE/692887‑692957

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑