Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	952,568	G→T	100%	intergenic (‑664/+39)	yddV ← / ← yddW	predicted diguanylate cyclase/predicted liprotein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	952,568	0	G	T	100.0%	126.4 / NA	34	intergenic (‑664/+39)	yddV/yddW	predicted diguanylate cyclase/predicted liprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (34/0);  total (34/0)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

AGCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTGGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAG  >  minE/952524‑952593                                             |                          agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAg                    >  1:262069/1‑52 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACaaa   >  1:450848/1‑69 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACaaa   >  1:71781/1‑69 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:570518/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:511828/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:512183/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:514140/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:515286/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:515443/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:528384/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:569076/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:90711/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:585268/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:608531/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:642690/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:649302/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:656216/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:11649/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:478786/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:437965/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:401226/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:384270/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:373850/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:361263/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:318865/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:318294/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:291774/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:258378/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:25018/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:198677/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:193121/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:136969/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAg  >  1:120106/1‑70 (MQ=255) agCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAAAAAGCCGGTTGGTAAAGCACCGGCTTGTTACaaa   >  1:182968/1‑69 (MQ=255)                                             |                          AGCATGATTATTAGTGGGATAGTTTAAGAGGGTAACAAGCCGGTGGGTAAAGCACCGGCTTGTTACAAAG  >  minE/952524‑952593

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑