| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,788,210 | T→A | 100% | intergenic (+146/‑654) | smpB → / → ygaF | trans‑translation protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,788,210 | 0 | T | A | 87.6% | 381.0 / 35.3 | 129 | intergenic (+146/‑654) | smpB/ygaF | trans‑translation protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/0); new base A (56/57); total (72/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATCTTTAACGATAACGCCATTGAGGCTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTT > minE/1788141‑1788270 | tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAAt > 1:272014/1‑70 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:81011/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:304753/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:326890/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:3300/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:4045/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:213883/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:211257/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:526279/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:545878/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:66693/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:129046/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:65896/1‑71 (MQ=255)tCACATCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAATc > 1:649858/1‑71 (MQ=255) acaTCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAAACtt > 1:442299/1‑71 (MQ=255) acaTCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAAACtt > 1:116746/1‑71 (MQ=255) acaTCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAAACtt > 1:308458/1‑71 (MQ=255) acaTCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAAACtt > 1:333652/1‑71 (MQ=255) acaTCCGACACAAATGTTGCCATCCCATTGCTTAATCGAATAAAAATCAGGCTACATGGGTGCTAAAACtt > 1:355653/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |