| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,153,378 | G→T | 100% | P144Q (CCG→CAG) | greA ← | transcription elongation factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,153,378 | 0 | G | T | 96.7% | 103.5 / ‑3.5 | 30 | P144Q (CCG→CAG) | greA | transcription elongation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (29/0); minor base C (1/0); total (30/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCGGCGTTTTGATGAC > minE/2153321‑2153391 | ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTtgatga > 1:80526/1‑70 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTtgatga > 1:67676/1‑70 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:492266/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:92803/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:80945/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:69227/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:649055/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:64355/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:641093/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:633240/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:545308/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:544740/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:535530/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:502519/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:496324/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:121419/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:480998/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:432493/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:379315/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:376313/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:299563/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:273/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:224396/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:188238/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:164171/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:163565/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:145144/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:14484/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCTGCGTTTTGATGAc > 1:144528/1‑71 (MQ=255)ttGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCCGCGTTTTGATGAc > 1:286351/1‑71 (MQ=255) | TTGGGTAATTCTTACAGGTATTCCACCTTAATTACTTCAAATTCTACTTCGCCGCCCGGCGTTTTGATGAC > minE/2153321‑2153391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |