Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,659,198	A→G	100%	intergenic (‑116/‑74)	glpD ← / → glpE	sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)‑binding/thiosulfate:cyanide sulfurtransferase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,659,198	0	A	G	100.0%	163.9 / NA	44	intergenic (‑116/‑74)	glpD/glpE	sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)‑binding/thiosulfate:cyanide sulfurtransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (44/0);  total (44/0)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TGTATAACATTATGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTA  >  minE/2659187‑2659256            |                                                           tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGt                                   >  1:5684/1‑37 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCGCACTTGTTTGTa  >  1:421892/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACttgtttgt   >  1:384920/1‑69 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACttgtttgt   >  1:67255/1‑69 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACttgtttgt   >  1:351544/1‑69 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACttgtttgt   >  1:322532/1‑69 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACttgtttg    >  1:88722/1‑68 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACttgtttg    >  1:551589/1‑68 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:598779/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:561868/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:602119/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:538468/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:532791/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:517238/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:490577/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:638721/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:488260/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:484826/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:660313/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:461795/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:8402/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:454130/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:439712/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:41267/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:220400/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:10676/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:114334/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:128191/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:133217/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:148458/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:173851/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:17880/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:190630/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:210663/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:429061/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:273930/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:296397/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:305109/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:309611/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:335035/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:340515/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:366916/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:393129/1‑70 (MQ=255) tGTATAACATTGTGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTa  >  1:104526/1‑70 (MQ=255)            |                                                           TGTATAACATTATGGCGTTTATCTGCCGCTTCGACGTAAACTGTGCGGTAAATTTGCCCACTTGTTTGTA  >  minE/2659187‑2659256

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑