| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,298,201 | A→T | 100% | intergenic (‑131/+198) | katG ← / ← metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,298,201 | 0 | A | T | 78.9% | 31.9 / 6.9 | 19 | intergenic (‑131/+198) | katG/metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base T (0/15); total (1/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCACGGATGCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGG > minE/2298141‑2298258 | ccACGGATGCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGAt < 1:64241/62‑1 (MQ=255) tCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAtt > 1:425056/1‑62 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:193609/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:64497/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:48978/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:476514/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:431585/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:425493/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:253394/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:249124/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:222329/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:214601/58‑1 (MQ=255) atatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:175876/58‑1 (MQ=255) tatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:458589/57‑1 (MQ=255) tatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:531577/57‑1 (MQ=255) tatTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:89020/57‑1 (MQ=255) agagATGTAGATCAAATTGTTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTAt < 1:510085/44‑1 (MQ=255) agaTGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGc < 1:364632/62‑1 (MQ=255) aTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAgg < 1:535672/62‑1 (MQ=255) | CCACGGATGCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGG > minE/2298141‑2298258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |