| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 483,906 | 1 | . | C | 31.8% | 47.5 / 67.4 | 44 | coding (1110/1266 nt) | tolA | membrane anchored protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/22); new base C (14/0); total (22/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.56e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTTCTATGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGTT > minE/483848‑483971 | agtTCTATGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATg > 1:1091816/1‑71 (MQ=255)agtTCTATGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATg > 1:2596978/1‑71 (MQ=255)agtTCTATGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATg > 1:3522257/1‑71 (MQ=255)agtTCTATGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATg > 1:1177370/1‑71 (MQ=255) tGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTg < 1:1016986/70‑1 (MQ=255) cAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGc > 1:3701757/1‑70 (MQ=255) cAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGc > 1:3629681/1‑70 (MQ=255) cAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGc > 1:2388058/1‑70 (MQ=255) cAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGc > 1:2451902/1‑70 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAACCTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:2822867/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:4286115/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:3754122/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:3719268/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:3099840/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:2944919/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:865914/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:2733265/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:694261/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:87237/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:2256810/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:905459/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:1210582/1‑58 (MQ=255) aaaaCCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCACCCCGATGGTATGTTACTGGATATCaaa > 1:2699151/1‑58 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:3369578/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:4339857/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:4323634/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:1185373/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:1197152/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:1229977/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:1516503/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:3140474/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:1684052/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:2246020/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:2795428/36‑1 (MQ=255) tAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCa < 1:2439878/36‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:993415/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:947498/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:555097/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:537409/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:2812897/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:2713812/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:1627285/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:15673/71‑1 (MQ=255) cTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGtt < 1:1158437/71‑1 (MQ=255) | AGTTCTATGACGCATCGTCCTATGCAGGCAAAACCTGTACGCTGCGCATAAAACTGGCA‑CCCGATGGTATGTTACTGGATATCAAACCTGAAGGTGGCGATCCCGCACTTTGTCAGGCTGCGTT > minE/483848‑483971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |