Missing coverage evidence...
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CTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGG  >  minE/786350‑786420                                                                       | cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:486247/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:1039493/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2988929/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:301339/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:3070048/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:332058/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:35689/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:393396/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:442143/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2790595/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:512634/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:55445/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:630535/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:708159/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:796512/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:887324/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:935391/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2121/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:1152134/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:1403389/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:1546149/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:1586813/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2051696/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2108488/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:277264/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2158349/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2236235/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:224783/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2256525/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2322143/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2384595/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:2400311/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGACTTCGGTACggg  <  1:1768472/71‑1 (MQ=255)  tGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACggg  <  1:632079/70‑1 (MQ=255)                                                                       | CTGTTCCAGAACCACTTTGTAATGCTTGTCGATATGACTATCGTCTTGCAGGTCGGTGTCTTCGGTACGGG  >  minE/786350‑786420

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑