Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1208280	1208291	12	18 [0]	[0] 11	manZ	mannose‑specific enzyme IID component of PTS

ACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGG  >  minE/1208209‑1208279                                                                       | aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1424526/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1491138/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1535509/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1556042/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1772083/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1838093/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1146799/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:94557/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:3083676/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:412548/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:62079/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:711153/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:848733/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:915241/71‑1 (MQ=255) aCTGGGGGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1484769/71‑1 (MQ=255)  cTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:975396/70‑1 (MQ=255)                           gCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:1875657/45‑1 (MQ=255)                            cAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg  <  1:2301752/44‑1 (MQ=255)                                                                       | ACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGG  >  minE/1208209‑1208279

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑