Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1317716	1317720	5	34 [0]	[0] 2	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

CCCGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACG  >  minE/1317645‑1317715                                                                       | cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2597182/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:854344/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:843421/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:783857/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:720174/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:44886/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:401741/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:3278768/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:3199930/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:3079184/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:3055555/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2894709/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2643665/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2600879/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1016021/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2497571/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1799808/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1096882/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1253734/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1262670/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1274389/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:128338/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1612212/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2449202/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1893591/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:1946284/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2009690/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2119383/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2140832/71‑1 (MQ=255) cccGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2435284/71‑1 (MQ=255) cccGCCCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2725121/71‑1 (MQ=255)                       gcagcaCCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:467264/49‑1 (MQ=255)                       gcagcaCCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:583466/49‑1 (MQ=255)                          ggaCCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCacgacg  <  1:2331664/44‑1 (MQ=255)                                                                       | CCCGCGCCAACCATGCCACCCAGCAGCACCGCCAGAATCAAGGTAATTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACG  >  minE/1317645‑1317715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑