Missing coverage evidence...
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CGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGT  >  minE/2836547‑2836617                                                                       | cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:2838607/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:95942/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:885829/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:884356/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:836216/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:821978/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:754385/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:597473/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:531609/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:427183/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:366093/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:3228584/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:3122881/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1033161/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1514135/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:105303/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1167120/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1220011/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:255444/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1660923/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:168458/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1840171/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1858982/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:2177497/71‑1 (MQ=255) cGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:2269807/71‑1 (MQ=255)  gTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:874730/70‑1 (MQ=255)    aaCAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:813826/68‑1 (MQ=255)          aCGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:2176995/62‑1 (MQ=255)                     cAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:824726/51‑1 (MQ=255)                           aGTATCTCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1445101/45‑1 (MQ=255)                                  ccTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGt  <  1:1324712/38‑1 (MQ=255)                                                                       | CGTAACAGAACGCTCTGGTTCAGCAAAGTAACGCCTACCCGGCGCAACTTAGCCATCGCCTGACGGAATGT  >  minE/2836547‑2836617

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑