Missing coverage evidence...
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CTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGA  >  minE/517129‑517199                                                                       | ctATTCGCTGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1618487/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGTTGGCGa  <  1:419700/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1086629/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:705870/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:599278/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:571508/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:538147/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:491252/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:459916/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:457206/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:443091/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:3192730/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:2855928/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:2850902/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:2686253/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:245324/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:2372727/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:2286481/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1658685/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1523782/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1433747/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1373590/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:125698/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:109976/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:1057294/71‑1 (MQ=255) ctATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGGTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:949381/71‑1 (MQ=255)           ccACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:757217/60‑1 (MQ=255)                                     cgcTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGa  <  1:2558042/35‑1 (MQ=255)                                                                       | CTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGA  >  minE/517129‑517199

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑