Missing coverage evidence...
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CATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGC  >  minE/2335461‑2335531 |                                                                       cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:3289046/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1027126/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2803424/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2856370/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2877990/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2942296/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2981819/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:3085782/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:3178137/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2538062/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:366656/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:437264/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:531538/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:540353/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:690837/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:855183/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:90285/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:184289/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1201899/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1272516/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1439891/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1540605/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1613629/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1619930/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1694364/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2517407/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:1854445/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2015721/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2231013/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2346418/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:249081/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2508362/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGc  <  1:2511085/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAAAGc  <  1:3286835/71‑1 (MQ=255) cATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAAAGc  <  1:3290390/71‑1 (MQ=255) |                                                                       CATCGGTATTCCGATTCACTGGGGCTATGAAGGCGTAGCTAAAAAAGGCTTTATTGCCAATACTTTAACGC  >  minE/2335461‑2335531

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑