Missing coverage evidence...
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GTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCAT  >  minE/2543283‑2543352 |                                                                      gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:358138/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2494591/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2536425/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2660260/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2910787/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2981492/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:301760/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:3059692/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:3123131/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:3186750/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:339538/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2478919/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:406244/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:541496/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:555746/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:614383/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:714632/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:728351/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:894236/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:943115/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:987376/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2007438/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1108245/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1168900/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1238148/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1239618/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1365038/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1492993/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1599226/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:162126/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1633858/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:1040953/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2040518/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2091466/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2140438/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2227086/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2270528/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2381825/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2390775/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2451483/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat  <  1:2475138/70‑1 (MQ=255) |                                                                      GTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCAT  >  minE/2543283‑2543352

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑