Missing coverage evidence...
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TACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGA  >  minE/2612662‑2612730 |                                                                     tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCtgtg   >  1:1529160/1‑68 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCtgtg   >  1:3254135/1‑68 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCtgtg   >  1:3021713/1‑68 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCtg     >  1:1071952/1‑66 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:2421552/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:963780/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:924512/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:903633/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:750287/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:718974/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:503607/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:326093/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:3239204/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:3226872/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:3111090/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:3079159/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:2729465/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:2339485/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:2310157/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:2159587/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1905170/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1764291/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1746739/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1685812/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1621565/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1257428/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1130394/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCCCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGa  >  1:1623039/1‑69 (MQ=255) tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGAGCCAGCATCACGGTTTCGAt           >  1:1660279/1‑60 (MQ=255) |                                                                     TACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGA  >  minE/2612662‑2612730

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑