| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 852,824 | 0 | A | T | 68.9% | 58.7 / 38.2 | 45 | intergenic (‑207/‑150) | yciC/ompW | predicted inner membrane protein/outer membrane protein W |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/14); new base T (0/31); total (0/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCA > minE/852783‑852887 | aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:1209873/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:890052/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:418629/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:2248828/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:2239914/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:2169126/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:2032214/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:1147215/68‑1 (MQ=255)aaTATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:1436783/68‑1 (MQ=255) atatTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:3135862/67‑1 (MQ=255) atatTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:260265/67‑1 (MQ=255) atatTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:2386378/67‑1 (MQ=255) tatTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:3244127/66‑1 (MQ=255) gCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACt < 1:550530/61‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTGTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2591630/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:478973/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:3150455/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:349165/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:400432/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1284603/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:770393/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:268912/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:552372/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:600023/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:619296/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:660255/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:727710/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:733723/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1652150/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1747275/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1770708/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1951623/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1677890/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:207581/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2119834/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1664815/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2232622/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2931235/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2265351/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2270247/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:232241/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2511415/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2630513/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:1705341/70‑1 (MQ=255) tAAATCTCATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCa < 1:2696728/70‑1 (MQ=255) | AATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCA > minE/852783‑852887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |