| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,763,556 | 0 | T | C | 42.5% | 51.1 / 159.6 | 120 | noncoding (288/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/39); new base C (29/22); total (59/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGG > minE/1763505‑1763623 | gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTg < 1:2982033/71‑1 (MQ=34)gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:1450664/1‑70 (MQ=25)gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTg < 1:1847895/71‑1 (MQ=21) cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg > 1:2504652/1‑71 (MQ=34) cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg > 1:3233859/1‑71 (MQ=21) cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg > 1:2859061/1‑71 (MQ=21) ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:2485017/1‑71 (MQ=34) gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc < 1:1937430/70‑1 (MQ=35) aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg > 1:974714/1‑62 (MQ=33) aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt > 1:1096521/1‑71 (MQ=34) aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:1686139/71‑1 (MQ=34) aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:915063/71‑1 (MQ=21) ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:2320061/71‑1 (MQ=34) ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:4105557/71‑1 (MQ=34) cGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCttt > 1:2523545/1‑70 (MQ=11) tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg < 1:2053852/63‑1 (MQ=35) tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc > 1:4126268/1‑71 (MQ=21) tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt < 1:4109183/58‑1 (MQ=255) tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc < 1:2854933/70‑1 (MQ=25) tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt < 1:2486180/53‑1 (MQ=31) tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:1363927/1‑71 (MQ=34) tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:3626874/1‑71 (MQ=34) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:3626657/1‑56 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca > 1:3267685/1‑69 (MQ=35) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGAACAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:3094074/1‑70 (MQ=25) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc > 1:3307863/1‑70 (MQ=35) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc > 1:1303595/1‑70 (MQ=35) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc > 1:2244219/1‑70 (MQ=35) gTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTGGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACcaa > 1:574472/1‑71 (MQ=11) gTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACcaa < 1:3672558/71‑1 (MQ=11) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa < 1:4146268/71‑1 (MQ=38) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc < 1:973159/58‑1 (MQ=255) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac < 1:3215390/71‑1 (MQ=39) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac < 1:301570/71‑1 (MQ=39) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac < 1:2282812/71‑1 (MQ=39) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:2915295/1‑70 (MQ=39) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac < 1:159210/71‑1 (MQ=255) tCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac > 1:3093580/1‑70 (MQ=40) ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca < 1:202021/67‑1 (MQ=37) ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca < 1:2109646/67‑1 (MQ=37) cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa < 1:267670/70‑1 (MQ=255) cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca < 1:2217222/69‑1 (MQ=255) cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa < 1:1724203/70‑1 (MQ=255) aGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGa < 1:3727574/50‑1 (MQ=38) gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc > 1:34627/1‑70 (MQ=255) tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt > 1:793810/1‑70 (MQ=255) tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa < 1:3801988/71‑1 (MQ=255) tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa < 1:161494/71‑1 (MQ=255) gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:2751674/1‑71 (MQ=255) gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:1326097/1‑71 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:2231212/70‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:1092194/70‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:2893163/70‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc > 1:1715826/1‑67 (MQ=255) gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg > 1:1102218/1‑40 (MQ=255) gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc < 1:1850366/71‑1 (MQ=255) gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:3479518/71‑1 (MQ=255) gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:1199630/35‑1 (MQ=255) gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca > 1:2815614/1‑52 (MQ=255) gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca > 1:2782902/1‑52 (MQ=255) tCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc < 1:1011660/60‑1 (MQ=255) tCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCt < 1:392586/71‑1 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCCCACCAACAAGCt < 1:3401679/60‑1 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa > 1:290692/1‑60 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTgg < 1:3880124/71‑1 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:3782226/1‑40 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:2729816/1‑40 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:2155406/1‑40 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg < 1:3939881/70‑1 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg < 1:517953/70‑1 (MQ=255) ccTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcccc < 1:1681569/46‑1 (MQ=38) ccTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa < 1:3699537/54‑1 (MQ=255) ccTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTggg > 1:1607999/1‑70 (MQ=255) ctctCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGca > 1:858370/1‑71 (MQ=255) ctctCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGc > 1:4012081/1‑70 (MQ=255) ctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg > 1:1870958/1‑65 (MQ=255) ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:404324/37‑1 (MQ=255) ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:2195920/63‑1 (MQ=255) tcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca > 1:3288264/1‑70 (MQ=255) tcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACAt > 1:3122392/1‑71 (MQ=255) tcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACAt > 1:1824934/1‑71 (MQ=255) cAGACAAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc > 1:2326746/1‑38 (MQ=14) agcccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc < 1:299414/67‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |