| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,674,677 | G→A | intergenic (‑140/+220) | gntT ← / ← gntY | gluconate transporter, high‑affinity GNT I system/predicted gluconate transport associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,674,677 | 0 | G | A | 99.2% | 368.7 / NA | 118 | intergenic (‑140/+220) | gntT/gntY | gluconate transporter, high‑affinity GNT I system/predicted gluconate transport associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (54/63); minor base T (0/1); total (54/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GAACAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAGTATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCGGGGTA > minE/2674610‑2674743 | gAACAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAatat < 1:2068789/71‑1 (MQ=255)gAACAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAatat < 1:3561404/71‑1 (MQ=255) aaCAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATg > 1:2109641/1‑71 (MQ=255) aaCAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATg > 1:343881/1‑71 (MQ=255) aaCAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATg > 1:1905889/1‑71 (MQ=255) aCAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGACGTCAGGAATATGt < 1:771660/71‑1 (MQ=255) agagATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGttt < 1:1978648/71‑1 (MQ=255) agagATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGttt < 1:3836159/71‑1 (MQ=255) agagATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGttt < 1:1980528/71‑1 (MQ=255) agaTATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTgg > 1:782198/1‑71 (MQ=255) ttGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTAccc < 1:454461/71‑1 (MQ=255) ttGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTAccc < 1:3737910/71‑1 (MQ=255) tGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTgg > 1:2107037/1‑65 (MQ=255) tGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCa > 1:1071763/1‑71 (MQ=255) gCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAt > 1:898953/1‑71 (MQ=255) gCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAt > 1:557459/1‑71 (MQ=255) cGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAt < 1:3018110/70‑1 (MQ=255) ggCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgt < 1:765302/71‑1 (MQ=255) gCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:1040112/71‑1 (MQ=255) gCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:3115691/71‑1 (MQ=255) gCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:3037515/71‑1 (MQ=255) gCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:3673911/71‑1 (MQ=255) gCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:1246518/71‑1 (MQ=255) gCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:4132503/71‑1 (MQ=255) caccacGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg > 1:617380/1‑70 (MQ=255) acGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGa < 1:3528416/71‑1 (MQ=255) acGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTAACCATGTGAATGa > 1:409731/1‑71 (MQ=255) cGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:3120498/65‑1 (MQ=255) cGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGa > 1:791674/1‑70 (MQ=255) gACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATa > 1:191567/1‑71 (MQ=255) aCTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATAc < 1:3366353/71‑1 (MQ=255) aCTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATAc > 1:130980/1‑71 (MQ=255) aTACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGtt > 1:2885122/1‑46 (MQ=255) tACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGt > 1:2528467/1‑70 (MQ=255) aCCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGAt < 1:2206408/63‑1 (MQ=255) cccACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAAc < 1:2802564/71‑1 (MQ=255) ccACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGAt < 1:153858/61‑1 (MQ=255) cACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAAc > 1:1065268/1‑69 (MQ=255) cACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACAt < 1:118026/71‑1 (MQ=255) aCTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATc < 1:2830783/71‑1 (MQ=255) cTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCt < 1:1774877/71‑1 (MQ=255) cTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCt < 1:199276/71‑1 (MQ=255) tAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATg < 1:1753698/36‑1 (MQ=255) tAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTAccaa > 1:2532655/1‑45 (MQ=255) tAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTg > 1:533440/1‑71 (MQ=255) tAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTg > 1:489515/1‑71 (MQ=255) aaaCTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGc < 1:1879069/71‑1 (MQ=255) aaaCTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATCTGAATGATACGGGTAACATCTg < 1:1154146/69‑1 (MQ=255) aCTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTgg > 1:3966141/1‑37 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGa > 1:3425362/1‑51 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGa > 1:2363887/1‑51 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGa > 1:1173043/1‑51 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGa > 1:1086690/1‑51 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATAc < 1:218968/54‑1 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGtt < 1:2967376/71‑1 (MQ=255) cTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGtt < 1:1463409/71‑1 (MQ=255) tAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCAtgtg < 1:188395/45‑1 (MQ=255) tAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACAt < 1:919110/62‑1 (MQ=255) attattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGttt < 1:4111907/69‑1 (MQ=255) attattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGttt > 1:1787109/1‑69 (MQ=255) attattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGtt > 1:1047245/1‑68 (MQ=255) attattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGtt > 1:1042445/1‑68 (MQ=255) attattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTga < 1:174330/71‑1 (MQ=255) ttattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAAc < 1:3371377/57‑1 (MQ=255) ttattGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAAc < 1:3446112/57‑1 (MQ=255) attGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTga > 1:1405643/1‑68 (MQ=255) ttGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATa > 1:2483521/1‑46 (MQ=255) ttGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACa < 1:1411663/55‑1 (MQ=255) ttGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGaa < 1:535288/70‑1 (MQ=255) tGTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAAt > 1:843176/1‑70 (MQ=255) gTAGTCAGATGTCAGGATTATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATc < 1:523573/70‑1 (MQ=255) gTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATAc < 1:3864125/45‑1 (MQ=255) gTAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATc < 1:3619003/70‑1 (MQ=255) tAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGTTACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATc < 1:3456739/69‑1 (MQ=255) tAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGttt < 1:2940297/62‑1 (MQ=255) tAGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTCGCGttt < 1:537295/62‑1 (MQ=255) aGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATc > 1:3798551/1‑53 (MQ=255) aGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATc > 1:3877057/1‑53 (MQ=255) aGTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCAc > 1:2392682/1‑70 (MQ=255) gTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCa < 1:2525438/71‑1 (MQ=255) gTCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCa < 1:3011050/71‑1 (MQ=255) tCAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCAc > 1:400129/1‑68 (MQ=255) cAGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCa > 1:2437898/1‑69 (MQ=255) aGATGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCagag > 1:2199559/1‑71 (MQ=255) aTGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCg < 1:3914844/71‑1 (MQ=255) aTGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCg > 1:2797583/1‑71 (MQ=255) aTGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCg < 1:331445/71‑1 (MQ=255) tGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCgg > 1:1347856/1‑71 (MQ=255) tGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCgg > 1:2984289/1‑71 (MQ=255) tGTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCgg < 1:3378881/71‑1 (MQ=255) gTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTaa > 1:2959972/1‑41 (MQ=255) gTCAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTaa > 1:2959912/1‑41 (MQ=255) cAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACAt > 1:367329/1‑42 (MQ=255) cAGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACAt > 1:20805/1‑42 (MQ=255) aGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTgag > 1:2916679/1‑53 (MQ=255) aGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGc < 1:2306866/65‑1 (MQ=255) aGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCGGGGta < 1:4013292/71‑1 (MQ=255) aGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCGGGGta < 1:99178/71‑1 (MQ=255) aGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCGGGGt > 1:810881/1‑70 (MQ=255) aGGAATATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCGGGGt < 1:2597988/70‑1 (MQ=255) | GAACAGAGATATTGCGGCACCACGACTGATACCCACTAAAACTAATTATTGTAGTCAGATGTCAGGAGTATGTTTGGTACCCATGTGAATGATACGGGTAACATCTGGCGTTTGAGAATCACCAGAGCGGGGTA > minE/2674610‑2674743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |