Missing coverage evidence...
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CTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAG  >  minE/339706‑339776                                                                       | cTGGCAGTCTCGTTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCTGACGCTGTTCAAg  <  1:164563/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:684077/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:313195/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:329883/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:385954/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:417208/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:530010/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:603050/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:654156/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:303937/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:684569/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:723889/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:833164/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:834443/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:8806/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:910414/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:953538/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1423182/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1091359/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1095118/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1143350/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1188949/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1305105/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1320652/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:134912/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1076367/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1425662/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1430590/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1502344/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:1514426/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:215241/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:293417/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAg  <  1:295316/71‑1 (MQ=255)                             tGATAGAGACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTGCAAg  <  1:712162/43‑1 (MQ=255)                                                                       | CTGGCAGTCCCGGTAACGTGCGCTTCAGTGATAGACACATCCGCCTGCTCAACATCCGGACGCTGTTCAAG  >  minE/339706‑339776

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑