Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	349422	350442	1021	55 [0]	[0] 22	[gcl]–glxR	[gcl],hyi,glxR

CGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAATTT  >  minE/349352‑349421                                                                      | cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGCCCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:136691/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGCTAACGTCATGGAAttt  >  1:943742/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATACCGTCATGGAAttt  >  1:1042386/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:634575/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1447592/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1542821/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1545508/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:205698/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:221542/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:233158/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:270433/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:30608/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:31343/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:406365/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:509526/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:558161/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1446902/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:647221/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:678516/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:695746/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:737666/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:742687/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:76250/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:766283/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:776770/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:838438/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:839982/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:993996/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1315206/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1007818/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1011724/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1042617/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1103470/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1125418/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1138791/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1145672/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1160560/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1189097/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1283958/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1296976/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1002769/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1331440/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1336904/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:134990/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1378271/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1385024/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1388044/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1388328/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1421668/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1440857/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:1442959/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATAGAAttt  >  1:1296992/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATAATTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:311060/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACAAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAAttt  >  1:497711/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGGTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAAAGTCATGGAAttt  >  1:1126369/1‑70 (MQ=255)                                                                      | CGTGGAAGTTATTCTCGAGCGTGTGACCAATATTTCGATGGGCAGCGAACTGGATAACGTCATGGAATTT  >  minE/349352‑349421

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑