Missing coverage evidence...
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CAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCC  >  minE/413103‑413159                                                         | cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCTACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1213709/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:735494/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:388041/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:423237/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:450743/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:518107/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:519648/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:525348/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:549616/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:563664/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:604119/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:63261/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:727602/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:354539/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:762774/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:774455/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:815344/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:844709/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:877668/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:883037/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:948742/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:949601/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:968906/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1494466/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1131142/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1187393/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1211663/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1250511/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1308711/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1354060/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1366010/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1369348/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1419256/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1429286/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:37058/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1534203/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1544887/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1552009/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:159558/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:185845/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:276601/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:282634/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:343295/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:344919/1‑57 (MQ=255) cAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGcc  >  1:1057510/1‑57 (MQ=255)                                                         | CAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCC  >  minE/413103‑413159

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑