Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	540536	540628	93	51 [0]	[0] 125	rhtA	threonine and homoserine efflux system

CGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGCC  >  minE/540466‑540535                                                                      | cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:598814/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:269200/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:272632/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:29304/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:371850/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:384308/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:43654/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:491116/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:503931/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:506345/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:510123/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:55337/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:554833/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:188928/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:613954/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:677580/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:692310/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:697050/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:729087/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:740941/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:833185/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:906451/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:94106/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:967581/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:981794/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1263259/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:103046/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1032783/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:104936/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:108641/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1090889/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:109326/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1108030/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1125044/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1129726/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1202678/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:123624/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1236673/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1024889/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1279122/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1294175/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1316330/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1336782/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1421129/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1421839/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1441533/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1461147/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:1537381/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:17730/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:182205/1‑70 (MQ=255) cGAACCAATTGCCACCGTAGCAGCGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGcc  >  1:522781/1‑70 (MQ=255)                                                                      | CGAACCAATTGCCACCGTCGCAGGGCCATGTTCCGCTCCTGCGCGTTGCCCACTTAAAATGTAAATAGCC  >  minE/540466‑540535

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑