Missing coverage evidence...
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TTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAG  >  minE/553450‑553508                                                           | ttCACAATATGCACCAGCTCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1056715/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGTGCGTGTCCAg  <  1:414316/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:450020/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:198250/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:291636/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:314640/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:39118/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:409626/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:410031/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:412927/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:187977/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:504506/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:567451/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:598083/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:707042/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:758174/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:816538/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:827231/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:921067/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:929922/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1290327/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1059290/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1076250/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1076743/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1103584/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:111210/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1125863/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1133558/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1248004/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1263386/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:188695/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1325009/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1348409/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1370685/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1416548/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1421257/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1434185/59‑1 (MQ=255) ttCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:1529848/59‑1 (MQ=255)        tatGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAg  <  1:172265/52‑1 (MQ=255)                                                           | TTCACAATATGCACCAGCGCATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAG  >  minE/553450‑553508

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑