Missing coverage evidence...
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CAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTC  >  minE/842927‑842996                                                                      | cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:444971/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:916394/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:882723/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:879052/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:87064/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:646639/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:580096/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:567817/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:565361/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:556839/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:510530/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:455867/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:1063357/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:409017/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:40275/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:337389/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:302990/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:276183/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:249505/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:174435/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:161421/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:1191972/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:1174805/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:1141565/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:114081/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGGGGTACTAtcgtc  <  1:785406/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGGCGGCTGGTGGGACTAtcgtc  <  1:827685/70‑1 (MQ=255) cAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAAAGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:843667/70‑1 (MQ=255)       gAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTAtcgtc  <  1:436618/64‑1 (MQ=255)                                                                      | CAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTC  >  minE/842927‑842996

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑