Missing coverage evidence...
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GCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATG  >  minE/15216‑15263                                                | gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:716471/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:331437/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:412962/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:489351/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:493806/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:523519/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:563613/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:651753/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:66334/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:309129/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:740795/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:757272/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:786866/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:800726/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:807281/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:876379/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:975983/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:998503/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1407862/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1072514/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1116054/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1119509/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1147314/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1160706/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1219391/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1254443/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1023120/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1420418/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1490188/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1542554/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:169660/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:239722/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:25019/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:261377/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:268382/1‑48 (MQ=255) gCCCAACCGGCGAGCACAACACCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATg  >  1:1275490/1‑48 (MQ=255)                                                | GCCCAACCGGCGAGCACAACAGCCCGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATG  >  minE/15216‑15263

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑