Missing coverage evidence...
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AACCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCTGT  >  minE/1246390‑1246437                                                | aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1044111/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:713792/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:670454/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:59579/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:729583/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:530842/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:490851/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:811566/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:398571/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:815484/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:380215/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:913213/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:366369/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:255770/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:213771/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:970993/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:195327/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1520261/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1500349/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1497649/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1469672/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:145312/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:144819/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1381816/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1366338/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1344743/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1343257/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1328732/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1187511/48‑1 (MQ=255) aaCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:1158150/48‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACTGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:973823/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:787914/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:436424/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:387075/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:870871/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:882667/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:209239/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:195371/47‑1 (MQ=255)  aCCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCAtgt  <  1:863179/47‑1 (MQ=255)              tAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:550906/35‑1 (MQ=255)              tAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCtgt  <  1:375704/35‑1 (MQ=255)                                                | AACCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCTGT  >  minE/1246390‑1246437

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑