Missing coverage evidence...
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GGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAT  >  minE/1266632‑1266702                                                                       | ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:641113/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:207374/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:285808/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:310658/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:324858/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:371474/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:374035/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:450701/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:579204/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:161387/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:645709/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:655131/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:681981/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:820819/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:878625/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:975246/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:982253/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1361566/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1021929/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1090267/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1122236/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1159172/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1300608/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1349506/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1349691/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1007891/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1376242/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:13882/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1404962/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1486932/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1491395/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1532671/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1547717/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGACAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:355747/1‑71 (MQ=255) ggCGTGCAATTTTTGATTGAGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAt  >  1:1306677/1‑71 (MQ=255)                                                                       | GGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTAT  >  minE/1266632‑1266702

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑