Missing coverage evidence...
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GCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGA  >  minE/1341751‑1341819                                                                     | gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACTGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1485072/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:160001/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:795561/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:780129/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:722874/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:595020/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:549422/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:529757/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:486220/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:423819/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:360744/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:323206/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:292082/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:19290/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1090367/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1535079/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1409530/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1374486/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1328154/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1290098/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1236599/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1155032/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1146584/69‑1 (MQ=255) gcgcCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1091768/69‑1 (MQ=255)                                 cACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa  <  1:1371616/37‑1 (MQ=255)                                                                     | GCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGA  >  minE/1341751‑1341819

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑