Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1443277	1443399	123	34 [0]	[0] 46	rcsD	phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

ATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTC  >  minE/1443237‑1443276                                        | atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:658935/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:345672/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:355052/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:38955/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:398051/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:406481/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:420098/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:597403/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:633989/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1104944/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:685287/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:692754/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:732301/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:807354/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:83124/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:87733/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:918131/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:21302/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1032499/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1175030/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:120618/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:123721/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1252043/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1267376/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1273944/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1280896/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1355722/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1393193/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1401922/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:141306/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1486520/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:1517361/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCctc  >  1:298583/1‑40 (MQ=255) atatCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTAATGCctc  >  1:921903/1‑40 (MQ=255)                                        | ATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTC  >  minE/1443237‑1443276

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑