Missing coverage evidence...
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GGATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTAA  >  minE/1788447‑1788517                                                                       | ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:256121/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:998008/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:985433/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:792874/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:739084/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:701288/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:670663/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:630321/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:627895/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:553963/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:473409/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:425370/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:418229/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:266863/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1080611/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:205862/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:194737/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:181986/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:168281/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1554898/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1524170/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1508577/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1455732/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1427475/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1426733/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:135835/1‑71 (MQ=255) ggATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTaa  >  1:1177846/1‑71 (MQ=255)                                                                       | GGATCAAGAGAGGTCAAACCCAAAAGAGATCGCGTGGAAGCCCTGCCTGGGGTTGAAGCGTTAAAACTTAA  >  minE/1788447‑1788517

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑